برنامه های تحت پوشش واحد:
1-اجرای برنامه عملیاتی واحد
2-اجراء و پایش دستورالعمل ها وانجام آزمایشات مربوط به برنامه غربالگری نوزادان
3-اجراء و پایش بخش آزمایشگاهی برنامه ی سل ،مالاریا و لیشمانیا
4-اجراء و پایش بخش آزمایشگاهی بیماریهای منتقله از آب و غذا( التور،شیگلا،سالمونلا،بروسلا،بوتولیسم،و...)

  5- اجراء و پایش بخش آزمایشگاهی برنامه ی غربالگری تالاسمی
6-نظارت بر خرید تجهیزات آزمایشگاهی
7-نظارت بر خرید و تهیه کیتها و سایر اقلام مصرفی مورد نیاز آزمایشگاه ها
8- نظارت و هماهنگی بر اجرای طرح های مصوب استانی و کشوری (بخش آزمایشگاهی)
9-پایش و نظارت بر برنامه تشخیص آزمایشگاهی مواد مخدر . روان گردان ها(شیشه)
10-پایش و نظارت بر اجرای برنامه سطح بندی و استاندارد سازی آزمایشگاه های بهداشتی
11-همکاری با امور آزمایشگاه های معاونت درمان و سایر گروه های معاونت بهداشتی در اجرای برنامه های کشوری از جمله طب کار،کارت سلامت،آزمایشات مربوط به مادران باردارو...

دستورالعملها و بخش نامه ها :
1-دستورالعمل سطح بندی آزمایشگاه های بهداشتی
2-دستورالعمل مستند سازی و استاندارد سازی آزمایشگاه ها
3-دستورالعمل مواد مخدر
4-دستورالعمل تشخیص آزمایشگاهی ویبریو کلرا
5- دستورالعمل تشخیص آزمایشگاهی مواد مخدر و روان گردان ها(شیشه)
6-دستورالعمل دیابت و دیابت بارداری
6-دستورالعمل تشخیص آزمایشگاهی تب مالت
7-دستورالعمل نمونه گیری موارد مشکوک به آنفلوانزا
8-دستورالعمل سیاه سرفه و دیفتری
9-دستورالعمل پسماند های آزمایشگاهی
10-دستورالعمل بیماریهای حاد روده ای
11-دستورالعمل تشخیص آزمایشگاهی تالاسمی
12-دستورالعمل مننژیت
13-دستورالعمل تب هموراژیک کریمه( CCHF )
14-دستورالعمل تست های سریع تشخیص HIV
15- دستورالعمل فضا و تاسیسات آزمایشگاه